Riadiaci orgán (RO) programu Interreg V-A Slovenská republika – Česká republika je Ministerstvo investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie SR. RO zodpovedá za úspešnú a riadnu implementáciu programu. Zodpovedá sa Európskej komisií a každoročne podáva správy EK o pokroku v programe.

Národný orgán (NO) programu je Ministerstvo pro místní rozvoj České republiky. NO spolupracuje s riadiacim orgánom na výkone relevantných činností v Českej republike v záujme efektívnej a účinnej implementácie operačného programu.

Spoločný monitorovací výbor (SMV) programu skúma/posudzuje implementáciu programu a pokrok smerom k dosiahnutiu jeho cieľov. Skladá sa zo zástupcov príslušných subjektov SR a ČR, pričom sa dodržiava zásada partnerstva. Je tiež zodpovedný za výber projektov financovaných programom spolupráce. Členovia SMV majú príslušné odborné znalosti, skúsenosti s územným rozvojom, programom spolupráce a vytváraním sietí. Zoznam členov SMV nájdete tu

Spoločný technický sekretariát (STS) vykonáva administratívne a technické úlohy týkajúce sa realizácie programu. STS zabezpečuje podporu riadiacemu orgánu a Spoločnému monitorovaciemu výboru.

Infobod je zriadený za účelom poskytovania poradenstva žiadateľom a prijímateľom. Funguje v súčinnosti so Spoločným technickým sekretariátom.

Prvostupňová kontrola – First level control (FLC) je zodpovedným oddelením v každom členskom štáte, ktorý kontroluje a potvrdzuje náklady partnerov projektu, ktoré vznikli počas realizácie projektu. Táto úloha sa vždy vykonáva v súlade s národnými zákonmi a predpismi. V Slovenskej republike vykonáva prvostupňovú kontrolu Ministerstvo investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie SR, v Českej republike Národný orgán programu delegoval výkon prvostupňovej kontroly na Centrá pro regionální rozvoj (ďalej len CRR).